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Este valeroso marino nació en Chiclayo, el 1 de octubre de 1843, hijo de Carlos Aguirre y María Candelaria Romero. Las primeras letras las aprendió en su ciudad natal. Al cumplir los 10 años, sus padres lo enviaron a Lima para que continúe sus estudios en la capital bajo la tutela de sus tíos José y Manuel Romero.

Antes de cumplir los 15 años ingresa en la Escuela Naval Militar, el 7 de junio de 1858. Después de dos años de estudio obtiene el grado de Guardiamarina y destinado a servir en la fragata Amazonas. Durante cuatro años realiza sus prácticas profesionales en diversos buques de la escuadra, el 20 de enero de 1864 obtiene el grado de alférez de fragata.

Fue destacado a la Corbeta “UNIÓN” al mando del capitán de Corbeta Don Miguel Grau Seminario.

Participó en el Glorioso Combate de “ABTAO” y en 1866, por su destacada acción, fue ascendido a Teniente Primero, se le dio medalla conmemorativa y el título de “Benemérito de la Patria”. Iguales distinciones se otorgó a los jefes y oficiales que participaron en el combate.

De Capitán de Corbeta, Don Elías Aguirre es nombrado Sub Director de la Escuela Naval del Perú. En adición a sus funciones tiene a su mando a la Cañonera “Chanchamayo” nave en la que realizan sus prácticas en el mar los alumnos de la Escuela de Grumetes. Infortunadamente, en unos de  sus tantos viajes se varó; no pudiéndose salvar del desastre. Elías Aguirre, por tal motivo, fue separado del servicio por el Consejo de Guerra durante dos años.

Declarada la Guerra con Chile, un 05 de abril de 1879 y a pedido del Contralmirante Don Miguel Grau, formó parte de la dotación del Monitor “Huáscar”.

En pleno conflicto naval, una mañana del 8 de octubre de 1879 luego que una granada enemiga del Blindado “LORD” y “COCHRANE” cayera en el Huáscar, el cuerpo del Contralmirante Miguel Grau voló en pedazos tomando el mando de la nave el Capitán de Corbeta Don Elías Aguirre y cuando impartía órdenes, disparaban del blindado chileno “BLANCO ENCALADA”, de la Cañonera “COVADONGA”, de las Corbetas “O HIGGINS” y del “LOA”; haciendo un círculo de hierro y fuego contra el Monitor “HUÁSCAR” llegando una granada a impactar en su cuerpo; poniendo fin a su existencia inmortalizando su nombre.

Sus restos, junto con los de DIEGO FERRE, JOSÉ MELITON CARVAJAL y el resto de la tripulación muerta, fueron sepultados al día siguiente del Combate (9-oct-1879), en el Puerto de Mejillones – Bolivia (territorio ocupado por los chilenos).

Siendo Presidente del Perú, Don Andrés Avelino Cáceres, dispuso la traslación de sus restos al Perú, los cuales un 15 de julio de 1890 fueron depositados en el Mausoleo del Mariscal “Ramón Castilla”,  para finalmente, ser trasladados, un 8 de setiembre de 1908,  a la Cripta de los Héroes.